1.由于莫西沙星对儿童的生长发育有严重不良影响，18岁以下青少年和儿童不要使用本品。又因为该药有生殖毒性，而且经乳汁分泌对乳儿有潜在危害。所以孕妇、哺乳期妇女也禁用。
2.有心脏基础疾病者慎用，莫西沙星可能会造成QT间期延长，先天性或获得性QT间期延长患 者慎用。其他心脏疾病，比如心动过缓、既往发生过有症状的心律失常者、心力衰竭伴左心室射血分数降低、未纠正的低钾血症者，也要慎用，甚至禁用。QT 间期延长的程度会随着药物浓度或者注射液的输液速率的增加而增加，因此，不应超过推荐剂量或滴注速度，也不可与其他引起QT间期延长的药物合用。
3.由于对肝功能有一定影响，肝衰竭者或氨基转移酶高于正常值上限5倍者，应禁用。
值得一提的是，2018 年 FDA 发布安全警示：氟喹诺酮类药物可增加主动脉夹层和主动脉瘤破裂的几率，其使用与主动脉夹层或主动脉瘤破裂风险升高有相关性，可能致发生出血甚至死亡。 所以，有主动脉或其他血管阻塞或动脉瘤者、高血压患者，某些累及血管的遗传性疾病患者（马凡综合征）、老年人等高风险人群应慎用。
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