慢性咳嗽有90%的情况都是哮喘、胃食管反流或上气道咳嗽综合征（主要由于过敏、鼻炎、鼻窦炎等引起鼻涕倒流而导致咳嗽），其他原因包括呼吸道感染、服用了ACEI类药物、慢性支气管炎、支气管扩张症、肺癌、嗜酸性支气管炎。
还有一些罕见原因出现在老年人或者体弱者中，比如吞咽功能障碍、静脉畸形或气管后肿块、喉部感觉神经病、外耳道刺激（也叫「耳咳」）、室性早搏、福尔摩斯-阿迪综合症（自主神经功能障碍影响迷走神经）、精神性咳嗽、习惯性咳嗽等。
一般来说，对于咳嗽≥3周者，如果病史、体格检查都符合鼻涕倒流、哮喘或胃食管反流的情况下，可以对症治疗；如果伴随脓痰、或正在吸烟、或服用过ACEI类药物、或免疫系统受损者，则评估后做对应治疗（比如使用抗生素、停止吸烟、停用ACEI类药物等）。
如果上述两种情况治疗后咳嗽症状仍未改善，或病史、体格检查结果没有发现明确病因，又或者病史、体格检查结果符合肺部相关疾病，则应当做胸片检查。如果胸片发现异常，则根据检查结果做相应治疗。
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