1、种族
遗传血统在确定阴道菌群组成方面起着重要作用。乳酸杆菌在亚洲和白人女性的阴道菌群中占主导地位，而黑人或非裔美国人和拉美裔女性的阴道菌群则不同，含有一些细菌性阴道炎相关的物种，比如阴道加德纳氏菌、阴道陌生菌、巨球形菌、斯尼思氏梭杆菌和普氏菌等。非洲裔妇女更有可能被诊断为细菌性阴道炎和早产。惰性乳杆菌占主导的阴道菌群（CSTIII型）在所有族裔的女性中都有出现。
2、月经周期
生殖激素，特别是雌激素，在一生中会不断发生变化，比如从青春期到更年期，再到绝经后雌激素水平下降，这在决定阴道菌群组成方面起着关键作用。
雌激素会增加阴道上皮细胞中糖原的储存，这是阴道乳酸杆菌的主要能量来源，可以改变它们在阴道内定植和产生乳酸的能力以及它们在酸性环境下生长和繁殖的能力。因此，月经周期中雌激素的变化会明显影响阴道菌群组成。
卵泡期雌激素水平最高，这与乳酸杆菌占优势和有限的细菌多样性有关。在月经期间，细菌群落似乎不太稳定，乳酸杆菌丰度较低，卷曲乳杆菌和詹氏乳杆菌的优势度在月经开始和月经期间急剧下降，而阴道加德纳氏菌特纳菌和惰性乳杆菌的优势度上升，随着月经的结束它们又会下降。因为阴道加德纳氏菌和惰性乳杆菌的生长需要铁，在月经期间它们可以通过阴道溶素溶解月经血中的红细胞而获得铁，所以它们喜欢在月经期间同时出现。
在对真菌菌群方面，研究表明，排卵期的雌激素峰值会增加白色念珠菌的生长，导致黄体期后期白色念珠菌症状的发生率更高。
3、生活方式
与肠道菌群类似，阴道菌群组成也受到多种生活方式因素的影响：
个人卫生活动，比如阴道冲洗、香皂使用、内裤类型、经期防护等等，似乎是影响阴道菌群组成的最直接手段。根据研究，阴道冲洗似乎与细菌性阴道炎和阴道菌群失调的风险升高密切相关。
吸烟会通过减少雌激素产生和改变阴道代谢物，特别是通过提高尼古丁及其衍生物以及生物胺的水平，增加阴道菌群失调和细菌性阴道炎的风险。酒精摄入也与细菌性阴道炎的增加有关。
社会的现代化，包括心理压力增加、高脂肪和高碳水化合物加工食品的摄入以及城市化等因素，对阴道菌群也有影响。
压力对女性的影响比男性更大，似乎延伸到了阴道。具体来说，慢性社会心理压力可能通过免疫系统失调和皮质醇水平升高影响阴道乳酸杆菌平衡，这会降低乳酸杆菌丰度、升高阴道pH值和增加促炎反应。
饮食不仅影响肠道菌群，对阴道菌群也有影响。更确切地说，营养丰富、升糖指数低的饮食以及脂肪摄入量减少，可能会最大限度地降低细菌性阴道炎的发病率。此外，增加微量营养素的摄入，特别是叶酸、维生素A和钙，可以降低细菌性阴道炎的风险。富含甜菜碱的饮食与阴道乳酸杆菌数量增加有关。
另外，素食女性的阴道微生物总体多样性高于非素食女性。无论种族如何，细菌性阴道炎对超重和肥胖女性的影响比苗条女性更普遍，这可能与肥胖相关的宿主代谢、激素和免疫系统调节的功能紊乱有关，所有这些都可以改变阴道环境。肥胖还与肠道菌群失调有关，而阴道细菌也可能来源于肠道，所以这也可能影响阴道菌群的组成。
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