预防副溶血性弧菌食物中毒要抓住防止污染、控制繁殖和杀灭病菌三个环节，其中控制繁殖和杀灭病原菌尤为重要。
应严格监管食品采收、加工、贮存、运输、销售和消费即“从农田到餐桌”的各个环节。
采收前严格监管防止副溶血性弧菌污染食品应从源头开始，监管部门应对海产品及其生长环境中副溶血性弧菌的污染状况进行有效的监控。
禁止捕获或关闭污染程度较高海域的养殖场。控制污染程度较轻的海域海产品的采收时间和采收方式、暂养或净化，从而降低副溶血性弧菌的污染几率。
1、净化处理
贝类的净化是指将采收后的贝类养在清洁的海水中，通过贝类自身的滤食作用将体内的泥沙、微生物以及重金属等污染物排出体外，从而提高贝类食品的卫生质量和安全性。
但净化只能在一定程度上降低致病菌的风险，因此即使是通过净化的贝类，也最好不要生食。
2、低温保藏
低温保藏是控制副溶血性弧菌繁殖的有效措施，海鲜及熟制品在食品流通的各个环节均应低温保藏。美国贝类卫生操作手册建议夏季采收的贝类产品应在20小时之内冷却至7.2摄氏度，贮运温度应低于10摄氏度。
3、加热灭菌
副溶血性弧菌不耐热，56摄氏度加热5分钟，或90摄氏度加热1分钟即可将其杀灭，因此应将鱼、虾、蟹、贝类等海产品煮透后再食用，凉拌食物洗净后应在食醋中浸泡10分钟或在100摄氏度沸水中漂烫数分钟再食用。
4、生熟分开
盛装生、熟食品的器具要分开，并注意消毒，以防止交叉污染。
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