全身感染症状
发热或体温不升：新生儿感染大肠杆菌后，可能出现发热症状，体温可高达38℃甚至更高。不过，由于新生儿体温调节中枢尚未发育完全，部分新生儿也可能出现体温不升的情况，体温低于36℃。这是因为细菌感染引发身体的炎症反应，干扰了正常的体温调节机制。
精神萎靡：患病的新生儿常常表现为精神不振，对外界的刺激反应减弱。正常新生儿对声音、光线等刺激会有比较明显的反应，如听到声音会转头、眼睛会追随光线等。但感染大肠杆菌后，新生儿可能变得嗜睡，很少主动活动，唤醒也比较困难，这是因为感染导致身体不适和能量消耗。
喂养困难：新生儿可能会出现吸吮无力或拒绝吸吮的情况。喂奶时，他们可能含住乳头或奶嘴但吸吮动作微弱，或者干脆扭头避开，不愿进食。这是由于感染引起身体不适，影响了口腔、咽喉等部位的肌肉功能，同时也可能因为胃肠道功能受到影响，出现食欲下降。
体重不增或下降：由于喂养困难和身体消耗增加，新生儿体重增长会受到影响。正常情况下，新生儿在出生后的几周内体重应该稳步上升，但感染大肠杆菌后，可能出现体重不增甚至下降的情况。这是因为摄入的营养不足，而身体又在消耗能量来对抗感染。
胃肠道症状
腹泻：这是比较常见的症状，大便次数增多，每天可达5-10次甚至更多。大便性状改变，可为稀水样便、黏液便或脓血便。如果是致病性大肠杆菌感染，可能会引起严重的腹泻，这是因为大肠杆菌产生的毒素会刺激肠道黏膜，导致肠道分泌大量液体，同时肠道蠕动加快，使得大便变稀且次数增加。
呕吐：新生儿可能会出现频繁的呕吐，呕吐物可能为胃内容物，如奶液等。这是因为大肠杆菌感染引发胃肠道炎症，刺激胃肠道的神经反射，导致胃部肌肉收缩，将胃内容物吐出。严重时，呕吐可能呈喷射状，这提示颅内压可能升高，有可能是感染扩散引起了脑膜炎等并发症。
腹胀：新生儿的腹部会明显膨隆，轻敲时会发出鼓音。这是因为肠道内气体增多，可能是由于肠道细菌发酵产生过多气体，或者是肠道蠕动减慢，气体不能正常排出。腹胀会让新生儿感到不适，可能会出现哭闹不安的情况。
皮肤症状
黄疸加重或延迟消退：新生儿生理性黄疸是正常现象，但大肠杆菌感染可能导致黄疸加重或延迟消退。这是因为感染引起肝功能受损，影响了胆红素的代谢和排泄。胆红素在体内堆积，使皮肤和巩膜黄染更加明显，原本应该逐渐消退的黄疸可能持续时间延长，或者已经消退的黄疸又重新出现。
皮肤发花或出现花纹：部分新生儿的皮肤可能会出现发花或花纹样改变，这是因为感染导致外周循环不良。当身体试图通过收缩外周血管来保证重要器官的血液供应时，皮肤的血液循环受到影响，出现皮肤颜色不均匀、类似花纹的表现。这种情况需要引起重视，因为它可能是休克的早期表现。
泌尿系统症状（如果感染累及泌尿系统）
尿频、尿急、尿痛（少部分能观察到）：稍大一些的新生儿可能会表现出排尿次数增多、排尿时有急迫感以及排尿时疼痛的症状。但对于大多数新生儿来说，很难明确表达这些感受。如果怀疑泌尿系统感染，可以通过检查尿常规来发现异常，如尿中白细胞增多等。
尿液浑浊：尿液可能变得浑浊，这是因为尿液中有细菌、白细胞、红细胞等成分。正常新生儿的尿液应该是清亮透明的，尿液浑浊是泌尿系统感染的一个重要提示。