胃肠道间质瘤的症状无特异性，早期常无症状，中晚期多与肿瘤位置、大小及是否转移相关，核心表现集中在消化道症状、全身症状和转移相关症状。
局部消化道症状
腹痛或腹部不适：最常见症状，多为隐痛、胀痛，与肿瘤压迫、刺激胃肠道黏膜有关。
消化道出血：表现为黑便、呕血，或大便潜血试验阳性，因肿瘤表面黏膜破溃、血管破裂导致。
腹部肿块：部分患者可在腹部摸到质地较硬、活动度较差的肿块，多见于肿瘤较大时。
胃肠道梗阻：肿瘤堵塞消化道时，会出现腹胀、恶心、呕吐、停止排便排气，位置不同梗阻表现略有差异（如胃部肿瘤可能呕吐宿食，肠道肿瘤可能腹痛更剧烈）。
全身症状
乏力、消瘦：因长期出血、消化吸收功能受影响，或肿瘤消耗大量营养导致。
贫血：多为缺铁性贫血，表现为面色苍白、头晕、心慌，与慢性失血直接相关。
发热：少数患者会出现低热，可能与肿瘤坏死吸收或合并感染有关。
转移相关症状
肝转移：可能出现肝区隐痛、黄疸、腹水等。
腹腔转移：可引起持续性腹痛、腹水增多，或压迫邻近器官出现相应不适。
远处转移（如肺、骨）：少见，可能出现咳嗽、咯血、骨痛等症状。